Si le territoire de la commune a été occupé dès la préhistoire à la Peyzie, puis à l'époque gallo-romaine au pont d'Ambon, nous sommes certains que le village tel que nous le connaissons actuellement a commencé à se structurer à compter du XIIe siècle lorsque les habitations se sont regroupées autour du Château Haut tenu par la famille St-Astier.

La promulgation de la charte du roi Philippe le Bel en 1309 précise les privilèges de la ville qui commence à s'entourer de murailles au pied desquelles coulent les eaux du Bullidour.

Toutefois la ville aura à souffrir des diverses guerres de religion et à subir de nombreux sièges dont le plus long sera celui du 13 au 28 juillet 1593. Celui-ci va donner naissance à l'héroïne Lisloise, Marguerite Peyrou. Fille du Fournier banal, la jeune fille met fin au siège en blessant mortellement l'attaquant d'un coup d'arquebuse.
Peu à peu les murailles vont s'écrouler, le village s'étendre au-delà de celles-ci. Le village devient chef-lieu de canton à la Révolution et le restera jusqu'en 1808. Il verra l'arrivée du chemin de fer utilisé jusque vers la fin des années 1950.

Depuis, le village a rejoint la Communauté de Communes du Périgord Ribéracois au 1er janvier 2014, mais demeure rattaché au canton de Brantôme.

Au regard de l'intérêt de son patrimoine, la commune de Lisle a obtenu le label Commune à découvrir lors de la cession de remise des prix 2023. Un total d'une horloge lui a été attribué à cette occasion par le pôle tourisme et patrimoine de Mission France guichet, sur un nombre maximum de 4 (durée de visite conseillée).